Узумаки Наруто обвиняется в покушении на Райкаге и убийстве нескольких Джонинов из Кири- и Ивагакуре. Он попадает в тюрьму Хозукиджо, так же известную как "Кровавая тюрьма". Вскоре он понимает, что хозяин тюрьмы, Муи, крадет Чакру заключенных с помощью специальной техники и что его посадили в тюрьму для того чтобы из него высасывали чакру и пытается сбежать. Позже выясняется. что Муи подставил Наруто, чтобы использовать его чакру для открытия ящика, исполняющего любые желания, и с его помощью воскресить своего погибшего сына Муку.

Человек в маске, представленный зрителю как Мадара, решает завладеть силой девятихвостого, для чего нападает на Наруто и Сакуру, и с помощью силы глаз использует технику «Цукиёми», которая погружает наших героев в параллельную реальность. Здесь всё наоборот, родители Наруто живы, Сакура героиня деревни, Саске никуда не уходил, Акацки защищают Коноху, и всё кажется идеально. Вот только тот ли это мир, который хочет защитить Наруто, его ли это жизнь? С помощью Сакуры, наш герой должен найти ответ на эти вопросы и разобраться с человеком в маске.

В мире Наруто незаметно пролетели два года. Бывшие новички пополнили ряды опытных синоби в ранге тюнин и дзёнин. Главные герои не сидели на месте – каждый стал учеником одного из легендарных Саннин – трех великих ниндзя Конохи. Парень в оранжевом продолжил обучение у мудрого, но эксцентричного Дзирайи, постепенно восходя на новую ступень боевого мастерства. Сакура выдвинулась в помощницы и доверенные лица целительницы Цунадэ – нового вождя Деревни Листвы. Ну а Саскэ, чья гордыня привела к изгнанию из Конохи, вступил во временный союз со зловещим Оротимару, причем каждый считает, что лишь использует другого до поры до времени. Краткая передышка закончилась, и события в очередной раз понеслись с ураганной быстротой. В Конохе вновь прорастают семена старых раздоров, посеянные первыми Хокагэ. Таинственный лидер Акацуки привел в действие план обретения мирового господства. Неспокойно в Деревне Песка и соседних странах, везде всплывают старые тайны, и ясно, что когда-то придется платить по счетам. Долгожданное продолжение манги вдохнуло новую жизнь в сериал и новую надежду в сердца бесчисленных фанатов!